Средняя школа № 103 станции Осташков Октябрьской железной дороги реорганизована из восьмилетней школы станции Осташков 01.09.1967 г. на основании приказа Учебных заведений Октябрьской железной дороги № 79 от 03.08.1967г.

Средняя школа № 103 станции Осташков Октябрьской железной дороги передана в распоряжение Осташковского ГОРОНО 05.08.1996 г. (Постановление Главы администрации города Осташкова и Осташковского района № 374 от 05.08.1996 г.).

Правопреемником Средней школы № 103 станции Осташков Октябрьской железной дороги стало в 1998 г. Муниципальное учреждение «Средняя (полная) общеобразовательная школа № 3» (Постановление Главы администрации МО «Осташков» №700 от 03.11.1998 г., приказ № 23 от 18.06.1998 г. отдела образования МО «Осташков», Постановление главы МО «Осташков» № 686 от 20.10.1998 г. «О регистрации Устава МУ «Средняя /полная/ образовательная школы № 3»»).

Муниципальное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 3» реорганизована в 2007 г. в Муниципальное образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 3» (приказ отдела образования администрации МО «Осташковский район» № 58 от 20.12.2007г.).

Муниципальное образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 3» зарегистрировано в 2009 г. как Муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа №3» (Постановление Главы МО «Осташковский район» № 1847 от 16.12.2008 г.) 

Муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 3» переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 3» 28.11.2011 г. (Постановление Главы МО «Осташковский район» от 07.11.2011 г. № 984). 

Герб средней школы № 3 - пятиугольник, который означает, что выпускники нашей школы могут продолжать обучение на любом континенте. По периметру правильного пятиугольника идет зеленая полоса, изображающая цифру 3 и символизирующая дорогу по 5 континентам. Цифра 3 означает номер школы. Замыкается пятиугольник желтой полоской, сиволизирующей цвет солнца. Внутренняя часть прямоугольника изображает символ земного шара, раскрашенный под голубые волны Селигера. Он обрамлен надписью "г. Осташков, школа, 2002" (год учреждения герба). Зеленые ветви означают: наш край - жемчужина русской природы.

Флаг средней школы № 3 представляет собой сочетание трех цветов: белого, зеленого, голубого. Угловое расположение цветов по полотну флага, как символ идущих лучей солнца. Значение цветов: белый - свобода выбора, всесторонее развитие личности, синий - Селигер, зеленый - дорога знаний. На белом фоне изображены три волны синего цвета, которые означают символ Селигерского края, в котором находится средняя школа № 3.